Este templo es fruto de 850 años de construcción. En 1149 el prior de la Orden Sanjuanista, Fray Guillen de Belmes, mandó construir una iglesia bajo la advocación de Santa María. Seria esta una iglesia románica de una sola nave, de la cual se conserva el ábside que es una de las joyas de este estilo medieval en todo Aragón.
En el siglo XIII se acomete la ampliación y se construye una nueva iglesia de estilo gótico cisterciense cuya estructura no se modificó hasta la siguiente ampliación, acometida a finales del siglo XVI, cuando se crearon las capillas del crucero, a derecha e izquierda del altar mayor, ocupando el primitivo lugar de la Iglesia de San Jaime. La definitiva ampliación tuvo lugar a mitad del siglo XVIII en la que se crean dos naves laterales y se alzó en ladrillo la torre-campanario.