La iglesia es de nave única, de cinco tramos, cubierta con bóveda de cañón con lunetos, grandes capillas laterales abiertas entre sus contrafuertes, coro bajo, en los pies, y cabecera poligonal con varias dependencias anejas, entre las que sobresale la sacristía, además de una cripta subterránea.
El claustro, parcialmente cegado, es de planta cuadrada, con tres crujías de siete tramos cubiertas con bóveda de crucería y una cuarta crujía desvirtuada por la apertura en los siglos XVI y XVII de varias capillas.
Toda la construcción tiene fábrica de ladrillo, excepto la base de la torre del Reloj que, por ser la parte más antigua, está construida en piedra sillar. Esta torre está situada en el lado sur del último tramo de la nave, mientras que en el lado norte de éste se eleva otra torre posterior. Ambas tienen cuatro cuerpos, pero diferentes estilos constructivos.
Es precisamente la superposición de estilos uno de los hechos más destacados en este conjunto, que se empezó a construir en el Siglo XII en estilo románico, se continuó en gótico y mudéjar (apreciable en la Torre del Reloj, la traza del claustro o la decoración del ábside) y se reformó totalmente en época barroca, tras el incendio de 1775, en un estilo clasicista francés de estela pilarista, como se deduce de su decoración interior a base de yeserías y pinturas murales y del atrio de acceso desde el exterior en el lado norte.
